请问不同网站启动子序列差很多正常吗?我根据网上教程用ncbi和ucsc都试了下,发现两个序列差了快400bp,ncbi是序列往前推了2000bp,ucsc是取了上游2000bp。

By 落落 at 2024-04-19 • 0 人收藏 • 711 人看过

请问不同网站启动子序列差很多正常吗?我根据网上教程用ncbi和ucsc都试了下,发现两个序列差了快400bp,ncbi是序列往前推了2000bp,ucsc是取了上游2000bp。

1 个回复 | 最后更新于 2024-04-19
2024-04-19   # 1

如果基因名称和物种正确的话,两个网站启动子序列应该差不多的,差400bp应该是有一个网站方法不对。我之前也碰到过类似的情况,问了师姐是ncbi上基因方向搞错了。ncbi里genomic context板块显示基因的箭头,箭头往右,序列往前推2000bp,箭头往左,序列往后推2000bp。ucsc就不会有方向问题,所以一般先用ucsc找,没有再去ncbi查。你看看换个方向两个网站的序列是不是就差不多了。

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